Program Studi Ekonomi Syariah STAIN Pekalongan pertama kali dibuka pada tahun akademik 2005/2006. Program Studi ini didirikan untuk mencetak para ekonom dan akademik Muslim yang diharapkan mampu mengawal dinamisnya perkembangan ekonomi Islam di Indonesia. Pada tahun 2017 program studi ini beralih menjadi Jurusan Ekonomi Syariah dan berada dalam Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Pekalongan. Pergantian nama program studi disebabkan oleh penggantian nama STAIN Pekalongan menjadi IAIN Pekalongan.

Profil lulusan Jurusan Ekonomi Syariah adalah sebagai berikut:

1. Praktisi Ekonomi Syariah
   Melakukan tugas pekerjaan sebagai praktisi di lembaga keuangan syariah sesuai dengan kompetensi dan kewenangan.
2. Enterpreneur Ekonomi Syariah
   Mendirikan, mengembangkan dan melaksanakan usaha mandiri sesuai kompetensi.
3. Analis Ekonomi Syariah
   Melakukan analisis ekonomi dan pencarian solusi terhadap fenomena dan permasalahan ekonomi yang sedang berkembang sesuai dengan kompetensi.
4. Peneliti Muda
   Membantu peneliti utama dalam melakukan berbagai penelitian ilmiah sesuai dengan kompetensi.